Первый гражданский генерал-губернатор Приамурского края (1911 - 1917) и последний генерал-губернатор Приамурского края, человек весьма просвещенный и деятельный. После окончания Московского университета (приват-доцент) он начинал свой путь как исследователь, ученый-этнограф, антропологии, преподавал и одновременно являлся секретарем антропологического отдела Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии. Был членом РГО. В 1890 году совершил поездку в Туркестан, Китай, Японию, Северную Америку. В 1893 - 1897 гг. начальник Анадырской округи, впоследствии - заведущий переселенческим отделом в Приморской области. В 1899 году за обширный исследовательский труд по Андырской округе большой золотой медали РГО.     Административно-служебная карьера Гондатти началась на Камчатке с его назначения начальником Анадырского края (1893-1898). Затем в Восточной Сибири заведовал канцеляриями ген-губернаторов. В 1905-1908 годах тобольский губернатор, в 1908-1909 годах - томский. В 1909-1910 годах он был начальником Амурской экспедиции но изучению природно-климатических условий и возможностей дальнейшего переселения крестьян.     В 1900 - 1908 гг. - на государственной службе в Сибири. В 1910 назначен уполномоченным Комитета по заселению Дальнего Востока начальником Амурской экспедиции. 1911 - 1917 гг. - Приамурский генерал-губернатор. При нем было завершено строительство великой Трансибирской магистрали и железнодорожного моста через Амур, создан заповедник "Кедровая падь" и Южно-Уссурийский отдел Русского географического общества, открытию обществ востоковедения, благотворительных, детских приютов, он сам был председателем многих обществ.     Проводил политику укрепления могущества России на Дальнем Востоке, усиления ее обороноспособности, ограничения влияния иностранцев. В отношении аборигенов края не допускал вмешательства в их самобытную жизнь, запрещал торговлю алкоголем в национальных селениях и стойбищах. В 1912 году Гондатти присвоено звание почетного казака Гродековского полка.     В начале марта 1917 г. по приказу Хабаровского комитета общественной безопасности арестован и отправлен под конвоем в Петроград в ЧК. Но ЧК не нашла каких-либо серьезных злоупотреблений властью со стороны Н.Л. Гондатти, и он был выпущен на свободу. В конце мая 1917 года ушел в отставку. По приглашению Гельсингфорского университета читал там лекции по этнографии, затем перебрался в Харбин, где с декабря 1918 года служил начальником земельного отдела КВЖД. В июне 1922 года Приамурский земский собор выдвинул Гондатти на пост временного правителя, но он оказался. После революции Гондатти уехал в Харбин, где и провел остаток жизни.