Ханкайский государственный природный заповедник организован 28 декабря 1990 г. Постановлением СМ РСФСР «О создании государственного заповедника «Ханкайский». Согласно этому документу образованному природному резерву отводилось 37989 га.

    Основная задача заповедника – сохранение природного комплекса, находящегося под защитой международной конвенции «О водно-болотных угодьях, имеющих международное значение главным образом в качестве местообитаний водоплавающих птиц» (Рамсарская конвенция, 1971 г.), а также улучшение очень непростой экологической обстановки в бассейне озера.

    Территория заповедника разделена на 5 изолированных участков, расположенных в 5 административных районах (Ханкайском, Хорольском, Черниговском, Спасском и Кировском). При этом в заповедник не вошёл ряд водно-болотных угодий, имеющих принципиальное значение для выполнения Российской стороной обязательств по Конвенции. За его пределами остались 2/3 популяций основных охраняемых видов региона (японский и даурский журавли, дальневосточный аист и др.). Данная территория подпадает под действие международных соглашений: Советско(Российско)-Японской конвенции "Об охране перелётных птиц и птиц, находящихся под угрозой исчезновения, и среды их обитания"(1973 г., продлена в 1991 г.).Советско-Корейской (КНДР) конвенции "Об охране перелетных птиц и птиц, находящихся под угрозой исчезновения, и среды их обитания"(1994 г.). Огромная проблема для заповедника - авиаполигон, площадью 16000 га в пределах охранной зоны. Бомбометания, проводимые во все сезоны года, являются мощным фактором беспокойства для гнездящихся здесь птиц и источником травяных пожаров.

    Ханкайский заповедник имеет общую границу (на некоторых участках) с китайским заповедником "Синкай-Ху". Территории обоих заповедников располагаются на побережье оз. Ханка. Китайский заповедник образован на площади 57700 га. По своему режиму территория заповедника "Синкай-Ху" приближается к режиму территорий российских заповедников и их охранных зон.

    Реальное сотрудничество между заповедниками началось еще в 1992 году и выражалось в обмене делегациями для взаимного ознакомления с работой партнеров, а также в проведении совместных научных исследований.

    В 1998 году Тихоокеанский институт географии ДВО РАН, Ханкайский государственный заповедник и китайский заповедник "Синкай-Ху" разработали совместную программу исследований по организации и развитию трансграничного заповедника. В рамках совместных научно-исследовательских работ проводятся полевые исследования обеих особо охраняемых природных территорий. На совещаниях и конференциях обсуждаются полученные результаты, происходит обмен опытом.

    С 1993 года в заповеднике ведется летопись природы. В ней регистрируются все изменения, происходящие за год в жизни природных сообществ и отдельных видов. Это позволяет выявлять закономерности природных явлений и проводить сравнения с комплексами, подвергающимися влиянию человека.

    Заповедник включает в себя преимущественно болотистую местность (травянистые болота и луговые растительные сообщества) по берегам озера Ханка, а также его заливы и прибрежную полосу акватории. Местами имеются небольшие увалы и холмы, покрытые редколесьем, представленным в основном дубняком. Частично сохранившиеся, некогда обширные плавни по уникальности растительного и животного мира не имеют аналогов. На территории произрастает 616 видов сосудистых растений, относящихся к 343 родам из 107 семейств, в том числе 49 редких и исчезающих видов (лотос Комарова, эвриала устрашающая, бразения Шреберга и др.), а также 523 вида водорослей. Здесь зарегистрированы 333 вида птиц. На территории России нет другого сопоставимого по размерам участка, где обитает столь большое количество видов птиц, включенных в Красные книги Международного союза охраны природы (МСОП) и России - 44 из них 11 гнездящихся в том числе дальневосточный аист (сейчас дальневосточный аист гнездится только на территории России и северо-востоке Китая. В Японии он не гнездится с 1959 года, на Корейском полуострове – с 1971-го.); японский и даурский журавли; тростниковая сутора; чернеть Бэра; ходулочник; азиатский бекасовидный веретенник; сухонос и колпица, отсутствующие на гнездовании в других заповедниках Дальнего Востока. На территории заповедника обитает 48 видов млекопитающих, (в том числе краснокнижная дальневосточная кожистая черепаха), 6 видов амфибий, 60 видов рыб (из них 2 вида краснокнижных), редких и исчезающих видов насекомых – 12, среди них отсутствующие в других заповедниках края эпикопея и носса.

    Директор заповедника: Сушицкий Юрий Петрович.